Ako čítať pásy gélovej elektroforézy?
Ak sami vykonávate test gélovej elektroforézy, buďte opatrní, ak pracujete s nebezpečným gélom.
Gelová elektroforéza je typ biotechnológie, ktorá oddeľuje molekuly na základe ich veľkosti za účelom interpretácie DNA organizmu. Na oddelenie reťazca DNA od zdroja sa používa enzým a DNA sa suspenduje vo farbive. Potom sa farbivo nanesie na negatívne nabitý gél na jednu stranu listu. DNA automaticky prechádza sadou horizontálnych pruhov na hárku, aby sa dostala k pozitívne nabitému gélu na druhej strane. Gelová elektroforéza je nápomocná pri určovaní príbuznosti medzi dvoma alebo viacerými druhmi alebo jednotlivými vzorkami. Môže tiež pomôcť pri vytváraní odtlačku prsta DNA.
Metóda 1 z 3: zobrazenie vašich vzoriek
- 1Držte UV svetlo na gélovom pláte, aby ste odhalili výsledky. Keď máte gélový list pred sebou, nájdite vypínač na trubici ultrafialového svetla a zapnite ho. Držte UV svetlo 8-41 cm (20-41 cm) od gélového listu. ožiarte vzorky DNA ultrafialovým svetlom, aby sa aktivoval gél, a prečítajte si výsledky. Ak bol test vykonaný správne, váš list by mal mať 2-8 sád zvislých pruhov v rovnobežných radoch.
- Jednotlivé pruhy označujú konkrétne reťazce DNA. Pásy by mali mať rôzne úrovne hrúbky.
- Ak čítate výsledky vytlačené na hárku papiera, môžete tento krok preskočiť.
Varovanie: Pri fyzickej manipulácii so vzorkou gélu noste rukavice a ochranné okuliare. Dotyk gélu môže narušiť vaše výsledky a niektoré gély sú škodlivé, ak sa vám dostanú do očí. Ak gél vyberáte zo zariadenia, položte ho na kus voskového papiera.
- 2Nájdite studne hľadaním najväčších farebných kaluží. Aby ste sa správne zorientovali, musíte nájsť pôvodné umiestnenie vzoriek, nazývané jamky. Keď máte plachtu pred sebou, hľadajte koniec plachty vo veľkom množstve farebného gélu. Jamky sú miesta, kde sú vzorky gélu vložené do fólie, a označujú začiatok vzorky.
- Pre každú z vašich vzoriek by mala existovať jedna jamka. Ak v jednej z jamiek chýba farba, vzorka mohla byť nanesená zle.
- Jamky označujú negatívny koniec listu. Opačná strana listu je kladný koniec. Keď sa každá vzorka nanesie na hárok, negatívne nabitá DNA prejde cez hárok na opačnú stranu a pri pohybe nechá jednotlivé vzorky DNA za sebou.
- 3Klasifikujte každý prúžok tak, že si všimnete pôvod vzoriek. Ak ste dostali kľúč, pochopte, že každý horizontálny riadok zobrazuje jedinečnú sadu DNA. Pomocou kľúča určte, čo jednotlivé riadky predstavujú. Počet vzoriek je možné určiť spočítaním počtu riadkov. Ak ste nedostali kľúč, nemôžete určiť zdroj každej vzorky. Elektroforéza vám poskytne iba informácie o správaní vzorky DNA, ale sama o sebe neodhalí zdroj vzorky.
- Ak ste test vykonali sami, zapíšte si, odkiaľ je vzorka každého radu, kým nanášate gél.
Osvetlite vzorky DNA ultrafialovým svetlom, aby sa aktivoval gél, a prečítajte si výsledky. - 4Identifikujte rebrík DNA, aby ste vytvorili mierku pre DNA. V závislosti od toho, či bol do testu zahrnutý aj rebrík DNA, môžete mať jeden prúžok navrhnutý tak, aby vám poskytol stupnicu na uľahčenie porovnávania. Táto stupnica sa nazýva rebríček DNA. Rebrík DNA bude obsahovať prúžky DNA známych veľkostí, aby bolo jednoduchšie zistiť, aké veľké alebo malé sú ostatné prúžky.
- Skutočné vzorky DNA budú mať v sekvencii prúžkov veľa variácií. Môže existovať niekoľko tenkých pásikov, po ktorých bude nasledovať prázdny priestor 1 až 5 centimetrov (2,5 až 5,1 cm), po ktorých budú nasledovať hrubé pásy a budú končiť ďalšími tenkými pásikmi. Rebrík DNA uľahčí zistenie, aké veľké sú jednotlivé pásy v skutočnosti, pretože vám poskytne niečo, s čím ich môžete porovnať.
- Rebrík DNA je takmer vždy umiestnený v poslednom rade v hornej alebo spodnej časti listu.
Metóda 2 z 3: posúdenie veľkosti vzoriek
- 1Identifikujte tenšie prúžky, aby ste našli rýchlejšie molekuly DNA. Keď sa každá vzorka aplikuje, začne sa pohybovať na pozitívny koniec listu vpravo. Čím sú molekuly menšie, tým rýchlejšie sa pohybujú, pretože majú menší odpor. Menšia a rýchlejšia vzorka DNA za sebou pri pohybe zanecháva tenšie prúžky. Keď sa pozeráte na svoje výsledky, pomocou najtenších prúžkov určte, ktoré vzorky DNA sú menšie a rýchlejšie.
- 2Nájdite hrubšie prúžky a nájdite pomalšiu DNA. Vzorky s väčšími molekulami sa v géli prirodzene pohybujú pomalšie. Výsledkom je, že môžete nájsť väčšie alebo pomalšie molekuly tak, že na svojej stránke vyhľadáte najväčšie prúžky. Pri pohľade na frekvenciu väčších a menších pásikov, ako sa objavujú v jednom rade, si urobíte dobrý obraz o odtlačku DNA vzorky.
- Spôsob, akým sú jednotlivé prúžky usporiadané v sekvencii, je jedinečný pre každú genetickú vzorku. Kombinácia tenkých a hrubých prúžkov vytvára špecifický obraz niekoho genetického zloženia.
- DNA nie je silnejšia ani lepšia, ak za sebou zanechá hrubšie pásy. Tieto prúžky jednoducho identifikujú značky, ktoré môžete použiť na porovnanie rôznych vzoriek.
- 3Na stanovenie veľkosti každého prúžku použite rebrík DNA. Rebrík DNA slúži na vytvorenie stupnice na porovnanie jednotlivých prúžkov. Veľkosť prúžkov v rebríku DNA závisí od typu rebríka, ktorý bol použitý na test, ale zvyčajne bude buď 10-100 bp (páry báz), alebo 500-1000 bp. Najhrubší pás je najvyššia veľkosť v spektre a najmenšia veľkosť je najnižšia. Takže pre rebrík s 10-100 bp je najhrubší prúžok 100 bp a najtenší prúžok 10 bp.
- 1 000 bp je to isté ako 1 kb. Kb je skratka pre kilobase a rebrík môže používať túto jednotku namiesto bp. Čím je mierka menšia, tým presnejšie budú porovnania.
- Páry báz a kilobázy sú jednoducho merné jednotky. Vzťahujú sa na fyzickú veľkosť molekuly DNA.
Tip: Rozsah rebríka DNA je vytlačený na fľaši, do ktorej rebrík prišiel. Tiež môže byť uvedený na kľúči, ak ste ho dostali. Nie je možné určiť rozsah rebríka iba na základe pásu, pretože rôzne gély umožnia cestovaniu vzoriek rôznymi rýchlosťami.
Jamky sú miesta, kde sú vzorky gélu vložené do fólie, a označujú začiatok vzorky.
Metóda 3 z 3: robenie záverov
- 1Pozrite sa na prúžky, ktoré sa objavujú v rovnakom mieste na hárku, aby ste našli podobnosti. Keď sa na list pozeráte holisticky, hľadajte body, kde sa 2 alebo viac pásikov objaví na rovnakých miestach v rôznych radoch. Toto je indikátor, že vzorky DNA sú nejakým spôsobom príbuzné. Ak sú v sekvencii 2 alebo viac riadkov bez akéhokoľvek prekrývania, nie sú navzájom nijako prepojené. Čím sú príbuznejšie 2 vzorky, tým viac sa budú v ich sekvenciách prekrývať.
- Inými slovami, ak sa pozeráte na list so studňami vľavo, hľadáte zvislé stĺpce, kde sa súčasne objavujú 2 pásy.
- Napríklad matke a jej dieťaťu sa prekrýva polovica pásikov. Dieťa a ich druhí bratranci aj keď môže mať iba 2-3 prúžky, ktoré sa prekrývajú.
- 2Identifikujte identické vzorky vyhľadaním prúžkov s rovnakou konfiguráciou. Ak majú 2 alebo viac vzoriek takmer identickú sekvenciu prúžkov, ide o rovnakú DNA. To neznamená, že zdrojom vzorky sú napríklad identicky identické dvojčatá, napríklad budú mať rovnakú sekvenciu DNA na elektroforetickom hárku. Na primerané priviazanie podozrivého na miesto činu sú spravidla potrebné identické pásy.
Tip: Elektroforézu často používajú forenzné tímy na vylúčenie podozrivých v kriminálnych prípadoch. Slúži aj na testovanie materstva alebo otcovstva.
- 3Pochopte obmedzenia testovania elektroforézy. Testovanie elektroforézou je nápomocné pri porovnávaní vzoriek DNA, ale niekedy môže byť ťažké urobiť konečné závery. Mierka sa dá len tak zväčšiť a rozmazanie môže spôsobiť, že kapely je ťažké interpretovať. V niektorých prípadoch nebudete môcť presvedčivo povedať, že 2 vzorky súvisia.
- Viac ako 2 prekrývajúce sa pásy naznačujú silnú podobnosť medzi 2 vzorkami. Pri hodnotení výsledkov vedci často povedia, že existuje „vysoká pravdepodobnosť“, že 2 vzorky sú príbuzné, ak sa prekrýva menej ako polovica pásov v 2 vzorkách.
DNA automaticky prechádza sadou horizontálnych pruhov na hárku, aby sa dostala k pozitívne nabitému gélu na druhej strane.
- Na porovnávacie závery môžete použiť iba gélovú elektroforézu. Jeden prúžok vám nič nepovie.
- Ak sami vykonávate test gélovej elektroforézy, buďte opatrní, ak pracujete s nebezpečným gélom. Niektoré gély obsahujú toxické zložky. Pri práci s nebezpečnými chemikáliami noste protiprachovú masku a gumené rukavice.
Prečítajte si tiež: Ako používať empirické pravidlo?
